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    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備
    來源:本站 時間:2020-08-24 17:25:41 瀏覽:16245次

    作者:王老師

    1 引言

    在使用GSAS軟件進行XRD精修之前,我們需要準備好輸入文件并將其導入程序。在此,我們向大家介紹采用GSAS進行XRD精修所需要的三類輸入文件及其獲取方法。

    這三類輸入文件分別是:

    (1)XRD數據文件:文件格式為“.gsas”;

    (2)儀器參數文件:文件格式為“.prm”或“.ins”;

    (3)結構模型文件:一般為“.cif”。


    圖1 三種輸入文件


    圖1 三種輸入文件

    2 XRD數據文件的準備
    XRD數據文件的準備非常簡單,通常而言我們測試XRD結果就包含“.csv”或者“.txt”。不過,這些原始文件除了包含“角度-強度”數據,還包含各種測試信息(測試時間,靶材類型等)。
    (1)首先,我們將“.csv”或者“.txt”轉換成僅包含“角度-強度”兩列數據的“.txt”文件;
    (2)然后將其重命名為“.dat”文件;

    (3)采用CMPR軟件將其轉換為“.gsas”文件(具體操作間我們之前的教程:CMPR軟件介紹)。


    圖2 讀取dat格式的數據


    圖2 讀取dat格式的數據
    3 儀器參數文件的介紹與準備
    3.1 儀器參數文件簡介

    儀器參數文件是以“.ins”或“.prm” 結尾的計算機文件(圖3),它是進行精修所必須的一個輸入文件。它包含了XRD衍射儀器的一些基本參數和信息,比如X射線的波長、靶材類型、峰形函數等。對于儀器參數文件,我們既可以用Windows自帶的記事本和寫字板來打開,也可以使用GSAS軟件來打開圖(4)


    圖3 儀器參數文件


    圖3 儀器參數文件


    圖4 儀器參數文件包含的信息


    圖4 儀器參數文件包含的信息
    首先我們對儀器參數文件所包含的信息進行簡要的介紹,它主要包括三大部分:

    (1)儀器基本信息:如圖5所示,包括數據的類型,儀器參數的Title以及XRD衍射儀的名稱。其中,數據的類型共有四類,分別是:TOF(Time of flight,飛行時間數據),CW neutron(constant wavelength neutron,恒定波長中子衍射數據),CW X-ray(恒定波長X射線衍射數據)和ED X-ray (Energy dispersive X-ray)。


    圖5 儀器基本信息部分


    圖5 儀器基本信息部分

    (2)儀器物理參數:如圖6所示,這部分主要包括靶材類型,是否有單色器,X射線的波長(Primary表示Kα1,Secondary代表Kα2),零點校正,極化校正和極化比例(銅靶是0.7,石墨單色器則為1)。


    圖6 儀器基本信息部分


    圖6 儀器基本信息部分

    (3)峰形函數:如圖7所示,這部分主要有峰形函數類型,以及峰形函數的各種參數。 GU,GV,GW是高斯函數半高寬方程系數;LX,LY表示洛倫茲函數的晶粒寬化和應力寬化。通常只需先設定好GU,GV,GW,LX,LY的初值,其他的則不需要更改。


    圖7 儀器基本信息部分


    圖7 儀器基本信息部分
    3.2 儀器參數文件獲取
    儀器參數文件是進行XRD精修所必須的,下面我們對獲取修改文件的方法進行介紹。
    (1)從師兄師姐或者XRD實驗老師那里獲取。這種方法最簡單,但并不是對所有人都適用。
    (2)根據GSAS自帶的儀器參數文件進行簡單修改。這種方法也比較簡單,而且適用于絕大部分情況。下面我們進行詳細的介紹:
    (a)如圖8所示,打開GSAS軟件的Powder選項卡,然后點擊“Add New

     Histogram”;


    圖8 使用GSAS導入儀器參數


    圖8 使用GSAS導入儀器參數

    (b)如圖9所示,單擊選擇文件;


    圖9 在彈出的界面單擊選擇文件


    圖9 在彈出的界面單擊選擇文件

    (c)如圖10所示,打開GSAS安裝位置下面的example文件件,然后選擇儀器文件,對于一般的實驗室XRD儀器,可以選擇“inst_xry.prm”這個文件;


    圖10 打開GSAS安裝位置下的example文件夾


    圖10 打開GSAS安裝位置下的example文件夾

    (d)此時,我們就可以對儀器參數進行初步修改(圖11)。主要修改靶材類型,是否有單色器,以及波長(該信息可以在測試結果文件里面看到,圖12)。然后我們可以講GU,GV,GW,LX,LY的初值設為0, 0, 50, 0和0即可。最后點擊Save或者Save as為自己的模板文件。該方法適用于絕大部分情況。


    圖11 修改基本參數


    圖11 修改基本參數


    圖12 測試結果中的儀器參數


    圖12 測試結果中的儀器參數
    4 CIF結構模型文件的介紹與準備
    4.1 CIF結構模型文件簡介
    CIF結構模型文件是指以“.cif”結尾的晶體學信息文件(Crystallographic Information File)。該文件包含了晶體結構的眾多信息,比如空間群、晶胞參數、原子坐標等,因而廣泛用于晶體結構繪圖、XRD精修以及材料的理論計算。

    由于CIF文件在材料學中應用十分廣泛,眾多軟件都可以打開并編輯CIF文件,比如Diamond,Vesta,Materials Studio。此外,我們也可以使用記事本來對CIF文件進行簡單的查看和修改(圖13)。


    圖13 采用記事本查看CIF文件


    圖13 采用記事本查看CIF文件
    4.2 CIF結構模型文件的獲取方法
    (1)從COD數據庫下載。Crystallography Open Database是一個完全免費、開放的數據庫(圖14),擁有上百萬條的結構信息,任何人都可以輕易地從這里獲取CIF結構信息文件。

    網址:http://www.crystallography.net/cod/index.php


    圖14 COD主頁


    圖14 COD主頁

    (2)利用Findit軟件獲取。Findit是無機晶體結構數據查詢軟件,利用此軟件我們也可以獲取所需的CIF文件,如圖15。不過,Findit是商業軟件,需要付費購買或者自行查找資源。


    圖15 Findit軟件主界面


    圖15 Findit軟件主界面
    (3)無機晶體結構數據庫(ICSD)。該庫包含十多萬條化合物信息,所有數據都由專家記錄并經過修正,非常權威,但主要針對無機化合物。此外,該數據庫并不免費,但很多學校會購買,如果你的學校購買了,訪問下面的網址就能直接使用。
    網址:https://icsd.fiz-karlsruhe.de/index.xhtml
    (4)其他數據庫:
    A: ICDD數據庫
    B: Pearson晶體學庫

    C: 美國礦物學家晶體結構數據庫(http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php)


    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備+參考圖1


    D: PCOD數據庫(www.crystallography.net/pcod)


    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備+參考圖2


    E: CCDC數據庫(www.ccdc.cam.ac.uk)


    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備+參考圖3


    F: IUcr(www.iucr.org)


    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備+參考圖4


    G: Materials Project(www.materialsproject.org)


    XRD精修教程(四)—— 三種輸入文件的準備+參考圖5

    數據庫頁面

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    評論 / 文明上網理性發言
    12條評論
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    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具。現代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
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