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    當前位置：模擬計算 ?  分子動力學 ? 

    分子動力學-同源建模

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    分子動力學-同源建模

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    如有各類設(shè)備采購需求，請聯(lián)系專屬顧問。
    項目介紹

    目前的獲得蛋白結(jié)構(gòu)的方式主要有三種：X-ray，NMR和電鏡。如果實驗室沒有此條件，計算機模擬手段可以解決未知蛋白的三維空間結(jié)構(gòu)，為您的課題提供助力；也可以通過同源建模或者從頭建模方式計算獲得空間三維結(jié)構(gòu)，便于后期藥學、分子生物學等課題的開展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)為參照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三級結(jié)構(gòu)的技術(shù)。給定氨基酸序列，通過Modeller等建模軟件獲取蛋白質(zhì)建模三維結(jié)構(gòu)，并通過分子動力學分析獲取初步的可靠蛋白結(jié)構(gòu)。若同源相似性較低的蛋白，可以通過從頭建模Rosetta軟件進行預(yù)測蛋白三維結(jié)構(gòu)。

    樣品要求

    1.       科研計算服務(wù)是一個探索的過程，其中存在不確定性。所有模擬計算只保證計算方法正確，至于結(jié)果是否完全符合客戶預(yù)期無法保證。

    （例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外當前的模擬方法也存在很多近似（例如OER過程的吉布斯自由能計算中會忽略掉催化劑的表面電荷富集效應(yīng)與溶劑效應(yīng)等），這 都有可能導致計算結(jié)果和實驗結(jié)果出現(xiàn)分歧（即某一問題可能是多種因素共同作用的結(jié)果，單純考慮其中某一作用不足以反應(yīng)要研究的問題本質(zhì)，目前也尚未有任何計算方法可以完全實現(xiàn)模擬仿真條件與真實實驗條件的完全一致，因此研究問題的哪個方面需要由客戶最終決定），因此，我們在計算過程中會盡可能減少可以避免的誤差，但是有些誤差受限于理論本身，不可避免，我們對此引發(fā)的后果不承擔任何責任。此外，分子力學或者分子動力學等基于分子力場的模擬計算重現(xiàn)性可能不如第一性原理計算，因此不保證兩次獨立的相同體系相同任務(wù)的模擬可以得到完全定量一致的結(jié)果，對此引發(fā)的分歧，我們不承擔任何責任）。

    2.       請?zhí)峁╆P(guān)于結(jié)構(gòu)或者實驗條件盡可能詳細的信息。

    比如材料中是否有缺陷，空位，是異質(zhì)結(jié)，還是負載團簇模型等。如果不提供影響計算的關(guān)鍵信息，計算老師按著自己的理解去計算，由此導致的結(jié)果和費用，請客戶自行承擔。

    3.       原始數(shù)據(jù)保存6個月。

    由于超算平臺的數(shù)據(jù)吞吐量較大，因此原始數(shù)據(jù)我們無償為客戶保存6個月，超過6個月的原始數(shù)據(jù)將會被刪除，請客戶知曉。且在6個月內(nèi)只提供原始數(shù)據(jù)，不再接受其他相關(guān)請求。

    4.       嚴格按照計算方案約定計算

    除本方案約定內(nèi)容之外，客戶如有其他特殊需求，請?zhí)崆案嬷?。如果需要補充計算可以補充下單。本著學術(shù)嚴謹?shù)膽B(tài)度，我們無法接受“人為調(diào)一下結(jié)果”，“調(diào)下參數(shù)使之更靠近我的預(yù)期”此類要求，所有計算結(jié)果尊重原始結(jié)果數(shù)據(jù)，敬請客戶不要提出這種要求。如果客戶下單后，又提出此類要求，我們有權(quán)利退單，由此造成的機時浪費及經(jīng)濟損失由客戶承擔。

    5.       客戶如對計算結(jié)果有異議，可以申請復核。

    復核僅僅檢查“計算方法是否存在錯誤”，“計算參數(shù)是否不合理”，“數(shù)據(jù)導入過程是否存在失誤”等問題，如果上述檢查均沒有問題，則認定計算結(jié)果不存在理論上的錯誤，這種情況下，不接受任何無償性質(zhì)的計算測試以及重新計算要求，請客戶知曉！

    項目案例
    常見問題
    1、Q1、如果計算結(jié)果與預(yù)期不符合怎么辦？

    1.科研計算服務(wù)是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務(wù)方對理論計算得到的數(shù)據(jù)負責， 但不保證理論數(shù)據(jù)能夠與預(yù)期結(jié)果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調(diào)整，調(diào)整過程中若增加計算或者大規(guī)模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協(xié)商。

    2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


    2、Q2、模擬計算項目服務(wù)范圍？

    1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結(jié)果數(shù)據(jù)和圖文，以及關(guān)于計算結(jié)果中疑問的解答；

    2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當?shù)慕獯穑舴蹈搴笮枰黾佑嬎?，需另行收費。


    3、Q3、關(guān)于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

    1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網(wǎng)選擇相應(yīng)的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內(nèi)容，預(yù)期結(jié)構(gòu)，分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)的參考文獻。如果網(wǎng)站上沒有對應(yīng)的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內(nèi)容；

    2.如果不能確定計算內(nèi)容，可以直接聯(lián)系工作人員進行需求溝通。

    分子動力學-同源建模

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